Una nit, el Pantalàimon és testimoni d'un assassinat. Abans de morir, la víctima li confia uns secrets que li recorden el seu passat. La Lyra, que ara té vint anys, emprèn aleshores un viatge a través d'Europa i Àsia, a la recerca d'una ciutat embruixada i un desert que amaga el misteri de la fugissera Pols.
Els perills als quals s'enfrontarà desafiaran tots els seus coneixements sobre el món i sobre si mateixa.